Ban tham mưu Tổ chức hành chính Kế hoạch tổng hợp Tài chính kế toán

Viện vùng Viện Nước Tưới Tiêu và Môi trường Viện Khoa học Thủ lợi Miền Trung và Tây Nguyên Viện Khoa học Thủy lợi Miền Nam

Viện chuyên đề Viện Bơm - Thiết bị Thủy lợi Viện Kinh tế và Quản lý Thủy lợi Viện Kỹ thuật Biển Viện Sinh thái và Bảo vệ công trình Viện Thủy Công Viện Thủy điện và Năng lượng tái tạo Phòng Thí nghiệm trọng điểm quốc gia về Động lực học sông biển

Trung tâm Trung tâm Công nghề Phần mềm Thủy lợi Trung tâm Đào tạo và hợp tác Quốc tế Trung tâm Tư vấn quản lý thủy nông có sự tham gia của người dân